周起元（１５７１～１６２６年），字仲先，号绵贞，明代福建海澄县（今厦门市海沧区海沧镇衙里自然村）人。明万历二十八年（１６００年）乡试第一，翌年中进士，授江西浮梁（今属景德镇市）知县。浮梁，宋属饶州，北宋政治家、文学家范仲淹知饶州时，曾于浮梁创建双溪书院。周起元到任时，恰值豪强阴谋吞书院。他不畏豪强势力，坚决予以打击，终于保住书院。此举甚获社会舆论好评，不久即调为南昌知府。

    万历三十八年，周起元选授御史赴京待命，拟任湖广道御史。时值朝廷考核京官，这是关系官员升迁降黜的大事，是党争的焦点。周起元正值京察之际来京，无端被卷入党争旋涡，滞留两年才得任命。

    万历四十年，周起元受命湖广御史，即奉敕分巡湖广道漕运。他沿江巡视、踏勘、组织民工疏浚河道，维修漕运各种设施。

    万历四十一年，告假家居的原国子祭酒方从哲，不经廷议由中旨起官为吏部左侍郎。依明制高级官员的任命，须经内阁大臣协议而后才由朝廷下旨。周起元以为方从哲起官有违“祖训”，且其为人“性柔懦，不能任大事”，上疏反对。因此，得罪了联成一气支持方从哲的齐、楚、浙诸党。

    同年七月，吏部尚书赵焕按年例调御史孙振基、王时熙、魏云中为外官，均未经都察院协议。周起元又参与上疏反对。结果获扣除薪俸之处分。

    不久，周起元奉命巡按陕西，随即调为广西参议，分守右江道。周起元治粤西，遵循理学大师周敦颐治南安、陆九渊治荆门的办法，以“尊重德性”为上。时柳州灾荒，百姓纷纷聚众抢粮闹事，地方官以为盗贼蜂起，力主镇压。周起元采取安抚、赈灾的办法，终于平息了骚乱。因治粤西政绩，升迁为四川副使。尚未起任，辽阳被清兵攻破，前方告急，又改任通州参政。

    明天启三年（１６２３年），召入为太仆少卿，这是东林党人较为得势的一段时间。初，刑部侍郎邹元标和左都御史冯从吾创办首善书院，其目的是传播濂洛之学，改变士俗。周起元既回京，也时常造访书院。但由于书院传播道学，且时常指摘朝政，所以忌恨者也不少。时兵科给事中朱童蒙便上疏请求禁止，并诋毁。周起元便起而上疏为书院辩解，为邹元标抗争。由于书院得到人们的拥护和邹元标正直的威望，朱童蒙失败，被贬为苏松分守参政。